Guía docente de Química Computacional (M43/56/2/8)

Modelización molecular. Comparación de los métodos de mecánica molecular, métodos ab-initio, semiempíricos y DFT. Ventajas inconvenientes y aplicaciones de dichos métodos. Cálculos de propiedades moleculares y espectroscópicas. Codificación de la información estructural de las moléculas: código Smiles, número InChI de la IUPAC, etc. Manejo de bases de datos: Scifinder, Chemspider, SDBS (Spectral Database for Organic Compounds), etc. Otras aplicaciones.

La docencia se impartirá en las aulas de informática de la Facultad de Ciencias. No obstante, se recomienda a los alumnos el uso de portátil. 
Bien el suyo propio o solicitando con antelación el servicio de Préstamo de Portátiles para uso en la Facultad de Ciencias, disponible en el siguiente enlace https://fciencias.ugr.es/estudiantes/prestamo-de-portatiles.

Tras cursar esta materia el estudiante:

• Conocerá los principales métodos y programas de modelización molecular. Las bases teóricas en que se basan los diferentes modelos y sabrá qué variables y parámetros pueden obtenerse de las simulaciones.
• Sabrá correlacionar diferentes propiedades moleculares con los parámetros y variables modelizados.
• Se familiarizará con las principales bases de datos accesibles desde la Universidad de Granada, con la búsqueda, herramientas de análisis y de procesado de la información obtenida en las mismas.
• Se introducirá otras herramientas computacionales de amplio uso en química, en particular las de representación y manejo de bibliografía.

• Métodos químico-cuánticos (I). Teoría de orbitales moleculares (TOM): métodos ab initio. Interpretación de resultados. Correlación electrónica. Métodos post-Hartree-Fock.
• Métodos químico-cuánticos (II). Métodos semiempíricos. Métodos de funcionales de la densidad (DFT).
• Métodos de mecánica-clásica. Modelización molecular. Mecánica molecular. Métodos híbridos de mecánica-cuántica/mecánica clásica (QM/MM). Limitaciones de los métodos de MM.
• Quimioinformática. Bases de datos moleculares. Propiedades y descriptores moleculares. Gestión de la información química en la web.

• Introducción al entorno de trabajo Linux.
• Construcción y Visualización Molecular
• Programas de cálculo de TOM.
• Visualización de Resultados de los Cálculos de TOM.
• Programas de Modelización Molecular.
• Manejo de Bases de Datos en Química.

Cálculos moleculares

• Jensen, F.; Introduction to Computational Chemistry; Wiley 3ª Ed (2016).
• Lewars, E.G.; Computational Chemistry: Introduction to the Theory and Applications of Molecular and Quantum Mechanics; Springer (2011).
• Cramer, C.J. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models; (2ª Ed.) Wiley (2004).
• Hehre, W.J.; Radon, L.; Schleyer, P.v.R.; Pople, J.A.; Ab initio Molecular Orbital Theory; Wiley (1986).
• Young, D.C.; Computational chemistry: a practical guide for applying techniques to real world problems; Wiley (2001).
• Leach, A.R.; Molecular Modelling. Principles and Applications; Longman (1996).

Consulta / Enciclopedias

• Schleyer, P.v.R. (Ed); Encyclopedia of Computational Chemistry, vols. I-V; Wiley (1998).
• Leszczynski, J. (Ed.) Handbook of Computational Chemistry (2ª Ed.) Springer (2012).
• Andreoni, W.; Yip, S. (Eds.) Handbook of Materials Modeling. Methods: Theory and Modeling; (2ª Ed.) Springer (2020).
• Andreoni, W.; Yip, S. (Eds.) Handbook of Materials Modeling. Applications: Current and Emerging Materials; (2ª Ed.) Springer (2020).

• https://www.dequimica.info
• https://www.chemistry-online.com

• MD01 Clases magistrales/expositivas. El equipo docente podrá utilizar para su desarrollo algunos de los siguientes métodos: sesión expositiva, aprendizaje basado en problemas, ejemplificación y estudio de casos. 
• MD02 Clases de resolución de problemas. El equipo docente podrá utilizar algunos de los siguientes métodos para su desarrollo: Aprendizaje basado en problemas; ejemplificación y estudio de casos. 
• MD03 Clases prácticas. El equipo docente podrá recurrir a métodos como estudio de casos, análisis diagnósticos, prácticas de laboratorio, aula de informática, visitas, búsqueda de datos, etc. 
• MD04 Talleres, seminarios, debates, exposición (y/o defensa) de trabajos individuales o en grupo. El equipo docente podrá utilizar para su desarrollo algunos de los siguientes métodos: aprendizaje basado en problemas, ejemplificación y estudio de casos 
• MD05 Tutorías: Programadas y de seguimiento (para trabajos de fin de Máster y Prácticas de Empresa), pudiéndose utilizar en las modalidades personalizada o en grupo, sincrónica (presenciales) o asincrónica (virtuales). La modalidad seleccionada por el equipo docente quedará recogida en la Guía Docente de cada materia 
• MD07 Estudio y trabajo autónomo, individual y/o en grupo 

La evaluación tendrá lugar de forma presencial. 

•  EVALUACIÓN CONTINUA

(A) Instrumentos de evaluación:

Pruebas escritas. Exámenes o pruebas breves a realizar a lo largo del curso basadas en la resolución de ejercicios, casos o problemas propuestos con anterioridad por el profesor. Su formato (preguntas largas, cortas, pruebas respuesta múltiple, etc.) será seleccionado por el equipo docente encargado de impartir la materia. Su contenido y duración serán establecidos de acuerdo con la Normativa de Evaluación y Calificación aprobada por la UGR en Consejo de Gobierno de 20 de Mayo de 2013.

Clases prácticas. Se evaluará el grado de desempeño en la realización del trabajo experimental, manejo de instrumentación y software, análisis e interpretación de datos experimentales y elaboración de registros e informes de resultados.

(B) Criterios de evaluación y porcentaje sobre la calificación final:

• Conocimientos teóricos adquiridos (60% sobre  la calificación final).
• Valoración de actitudes e iniciativas de participación activa e interactiva en el desarrollo de la clase, o en el grado de compromiso en el desarrollo  de los trabajos planeados, en las prácticas de laboratorio o cualquier otra tarea asignada, pudiéndose evaluar, si procede, la capacidad de trabajo en equipo (20% sobre  la calificación final).
• Exposición de trabajos, informes, conclusiones (20% sobre  la calificación final).

La evaluación tendrá lugar de forma presencial. 

•  Examen único final: La puntuación obtenida en este examen constituirá el 100% de la calificación otorgada siguiendo este tipo de evaluación.

La evaluación tendrá lugar de forma presencial. 

• Examen final. Este sistema de evaluación será aplicable únicamente para evaluar a alumnos que, de acuerdo con la Normativa de Evaluación y Calificación aprobada por la UGR en Consejo de Gobierno de 20 de Mayo de 2013 elijan esta modalidad de evaluación. Esta opción debe ser comunicada por escrito a la Coordinadora del Máster durante los primeros quince días desde el comienzo de impartición de la materia. Su formato (preguntas largas, cortas, etc.) será seleccionado por el equipo docente encargado de impartir la materia. La puntuación obtenida en este examen constituirá el 100% de la calificación otorgada siguiendo este tipo de evaluación.

• Escuela Internacional de Posgrado (Universidad de Granada): http://escuelaposgrado.ugr.es/ 
• Página web del Master: http://masteres.ugr.es/khemia/

Información de interés para estudiantado con discapacidad y/o Necesidades Específicas de Apoyo Educativo (NEAE): Gestión de servicios y apoyos (https://ve.ugr.es/servicios/atencion-social/estudiantes-con-discapacidad).