Grupos PAI:

• Redes Tróficas Pelágicas Continentales (RNM 125) del que es responsable el Prof. Cruz Pizarro, Catedrático de Ecología aglutina 19 investigadores de los cuales 13 son doctores.
• Ecología Funcional (RNM 367) liderado por la Profesora Presentación Carrillo Lechuga, Profesora Titular de Universidad en el cual hay 10 investigadores de los cuales 6 son doctores.

Grupos PAI: * Recursos hídricos (RNM-126) bajo la dirección del Prof. Benavente Herrera, Profesor Titular de Geodinámica Externa e Hidrogeología. Este grupo lo componen 13 investigadores de los cuales 10 son doctores.

Grupos PAI: * Microbiología Ambiental (RNM-270) dirigido por el Prof. González López, Catedrático de Microbiología, y que cuenta con 33 investigadores de los que 21 son doctores.

• Tecnologías para la gestión y el tratamiento del agua (TEP-239) coordinado por el Prof. M. A. Gómez Nieto, Catedrático de Ingeniería Civil. De este último grupo dos de los investigadores, ambos doctores, son miembros del Instituto del Agua.

Grupos: * Valoración de los usos y servicios de los sistemas acuáticos y los recursos hídricos . Prof. Francisco González Gómez (Economía Aplicada).

• Legislación ambiental relativa a la implantación de la Directiva Marco del Agua. Prof. Estanislao Arana (Derecho administrativo)