Guía docente de Experimentación y Desarrollo Tecnológico en Ciencias Ómicas (M78/56/1/2)
Máster
Módulo
Rama
Centro Responsable del título
Semestre
Créditos
Tipo
Tipo de enseñanza
Profesorado
- José Manuel Rodríguez Vargas
- Rafael Salto González
- Mariam Sahrawy Barragan
- Antonio Jesus Serrato Recio
Horario de Tutorías
José Manuel Rodríguez Vargas
Email- Primer semestre
- Miércoles 9:00 a 11:00 (Departamento)
- Jueves 9:00 a 11:00 (Departamento)
- Segundo semestre
- Lunes 9:30 a 11:30 (Departamento)
- Martes 9:30 a 11:30 (Departamento)
Rafael Salto González
Email- Lunes 9:30 a 12:30 (Despacho)
- Viernes 9:30 a 12:30 (Despacho)
Mariam Sahrawy Barragan
EmailAntonio Jesus Serrato Recio
EmailBreve descripción de contenidos (Según memoria de verificación del Máster)
• Técnicas de secuenciación masiva de DNA.
• Interacciones intragenómicas; Heterosis. Epistasis. Pleiotropía.
• Metagenómica.
• Análisis seriados de expresión génica (SAGE)
• Identificación y cuantificación de la expresión de genes individuales. RT-PCR y PCR en tiempo real.
• Técnicas avanzadas de purificación e identificación de proteínas.
• Espectrometría de masas para la identificación de proteínas y péptidos: Electrospray y MALDI-TOF.
• Aspectos prácticos en la aplicación de técnicas metabolómicas. Resonancia magnética nuclear, espectrometría de masas, cromatografía de gases y técnicas cromatográficas utilizadas en metabolómica.
• Análisis de rutas metabólicas.
Prerrequisitos y/o Recomendaciones
Tener conocimientos en Biología Celular y Molecular
Competencias
Competencias Básicas
- CB6. Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación.
- CB7. Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
- CB8. Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
- CB9. Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.
- CB10. Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.
Competencias Generales
- CG01. Hablar bien en público.
- CG02. Asumir responsabilidades en lo que respecta al desarrollo de conocimientos y/o prácticas profesionales y a la revisión del rendimiento estratégico de equipos
- CG03. Desarrollar capacidades para preparar y gestionar proyectos de Investigación y/o de Desarrollo.
Competencias Específicas
- CE01. Adquirir conocimientos altamente especializados, algunos de ellos a la vanguardia en un campo de trabajo o estudio concreto, que sienten las bases de un pensamiento o investigación originales en el campo de la Biología Molecular y su relación con las empresas biotecnológicas.
- CE05. Ser capaces de plantear aproximaciones experimentales utilizando técnicas ómicas y modelos celulares y animales
- CE07. Poner en práctica políticas de calidad y de compromiso medioambiental. Esta competencia específica complementa a la CG2
- CE09. Saber utilizar los recursos científicos y de gestión necesarios en una empresa biotecnológica y desenvolverse con autonomía
Resultados de aprendizaje (Objetivos)
• Capacidad de plantear aproximaciones experimentales utilizando técnicas ómicas.
• Familiarizarse con el procesamiento y análisis de los resultados obtenidos mediante el empleo de las diferentes ciencias ómicas.
• Conocer las innovaciones de las técnicas de arrays: Epigenética, interacciones DNA-proteína, detección de splicing alternativo.
• Saber procesar muestras para estudios proteómicos.
• Aprender a interpretar los datos de MALDI-TOF de proteínas y péptidos digeridos y utilizar las bases de datos necesarias para su identificación.
• Comprender las innovaciones de las técnicas de proteómica masiva.
• Conocer las innovaciones para el estudio de las interacciones funcionales de macromoléculas en las células y del metaboloma.
Programa de contenidos Teóricos y Prácticos
Teórico
Tema 1.- Introducción a las ciencias ómicas. Concepto, importancia, tipos de ciencias ómicas. Fundamentos esenciales de la caracterización y aislamiento de macromoléculas
Tema 2.- Introducción a la purificación de proteínas.
Parte 1: Proteómica
Tema 3.- Metodología aplicada a las ciencias proteómicas: Electroforesis bidimensional, técnicas de tinción y detección de proteínas en geles. Marcaje específico de proteínas. Caracterización mediante espectrometría de masas de proteínas: MALDI-Tof, electrospray, HPLC-masas, Fingerprinting. Técnicas específicas aplicadas a la caracterización de la expresión de proteínas mediante proteómica: DIGE y Silac, aplicaciones biológicas.
Tema 4.- Metabolómica: Metodos aplicados a la metabolómica y aplicaciones en el campo de la biomedicina y biotecnología.
Parte 2: Genómica y transcriptómica
Tema 5.- Genómica y transcriptómica, conceptos generales, aislamiento de ácidos nucleicos de alto rendimiento para la aplicación en técnicas ómicas. Retrotranscripción.
Tema 6.- Caracterización de la expresión génica en ciencias ómicas, Arrays de expresión, RT-PCR, métodos de normalización de la expresión, control de calidad en los experimentos genómicos y transcriptómicos.
Práctico
1.- Casos prácticos de purificación de proteínas y seguimiento de proteínas vegetales in vitro e in vivo. Herramientas múltiples para su caracterización.
2.- Análisis de la expresión génica por medio de arrays de expresión de células tumorales y control en cultivos celulares
3.- Análisis mediante técnicas de proteómica de cultivos celulares bacterianos que sobre-expresan o no diferentes proteínas recombinantes.
Bibliografía
Bibliografía fundamental
- The Proteomics Protocols Handbook. Editors: Walker, John M. (Ed.) 2005 Springer
- Transcriptomics in Health and Disease. Editors: Passos, Geraldo A. (Ed.) 2014 Springer
- Genomic Applications in Pathology. Editors: George Jabboure Netto, Iris Schrijver. 2015 Springer
- The Handbook of Metabolomics. Editors: Fan, Teresa Whei-Mei, Lane, Andrew N, Higashi, Richard M. (Eds.) 2012 Springer
- Difference Gel Electrophoresis (DIGE): Methods and Protocols. Editors: Cramer, Rainer, Westermeier, Reiner (Eds.) 2012 Methods in Molecular Biology, Springer
- Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture (SILAC): Methods and Protocols Editors: Warscheid, Bettina (Ed.) 2104 Methods in Molecular Biology, Springer
Enlaces recomendados
Mascot: http://www.matrixscience.com/search_form_select.html
Ingenuity Software: http://www.ingenuity.com/
Tutorials on 2D-Electrophoresis: http://www.bio-rad.com/es-es/applications-technologies/2-d-electrophoresis
Tutorials on PCR arrays: http://www.sabiosciences.com/RTPCR.php
Metodología docente
- MD01 Análisis de casos: En los que los estudiantes tendrán que aplicar conocimientos a las situaciones concretas planteadas, hacer apuestas por aquella solución más fundada en situaciones donde la información es incompleta, lo cuál es una práctica corriente entre los profesionales y servirá para elaborar ideas con las que diseñar proyectos de investigación.
- MD02 Trabajo colaborativo: Análisis y crítica de proyectos/artículos de innovación/investigación.
- MD03 Lecciones magistrales y asistencia a conferencias de profesorado invitado o conferencias organizadas por la universidad, etc. en donde el alumno pueda obtener una visión amplia del campo de estudio. Estas lecciones se complementarán con seminarios de discusión de ideas y aplicaciones.
- MD04 Prácticas de laboratorio o planta piloto y visitas a por unidades funcionales de empresas. En ambas se persigue el conocimiento de las diferentes metodologías de trabajo. En algunos casos sustituyen al análisis de casos, al tratarse de casos prácticos a resolver.
Evaluación (instrumentos de evaluación, criterios de evaluación y porcentaje sobre la calificación final.)
Evaluación Ordinaria
Todo lo relativo a la evaluación se regirá por la Normativa de Evaluación y de Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada Normativa. Las pruebas de evaluación de la adquisición de las competencias serán diversificadas. La evaluación se realizará mediante:
• SE1. Exámenes escritos y orales sobre las materias.
• SE3. Exposiciones orales, individuales o en grupo, de trabajos sobre contenidos de la materia (seminario) y sobre ejecución de tareas prácticas correspondientes a competencias concretas.
• SE4. Observación por los profesores y tutores de las conductas que realiza el alumno en la ejecución de tareas o actividades que se correspondan con las competencias, así como el grado de participación.
La superación de cualquiera de las pruebas no se logrará sin un conocimiento uniforme y equilibrado de toda la materia.
Calificación
El sistema de calificaciones se expresará mediante calificación numérica de acuerdo con lo establecido en el Art. 5 del R. D 1125/2003, de 5 de septiembre, por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en las titulaciones universitarias de carácter oficial y validez en el territorio nacional. La calificación, será:
1. los exámenes supondrán un 30% de la calificación final.
2. las tareas especializadas otro 30%.
3. la elaboración y exposición de trabajos etc. otro 30%.
4. la participación y actitud un 10%.
Evaluación Extraordinaria
El artículo 19 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que los estudiantes que no hayan superado la asignatura en la convocatoria ordinaria dispondrán de una convocatoria extraordinaria. A ella podrán concurrir todos los estudiantes, con independencia de haber seguido o no un proceso de evaluación continua. De esta forma, el estudiante que no haya realizado la evaluación continua tendrá la posibilidad de obtener el 100% de la calificación mediante la realización de una prueba y/o trabajo.
- Examen escrito sobre el contenido del módulo con un peso del 100% sobre la calificación
Evaluación única final
El artículo 8 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que podrán acogerse a la evaluación única final, el estudiante que no pueda cumplir con el método de evaluación continua por causas justificadas.
Para acogerse a la evaluación única final, el estudiante, en las dos primeras semanas de impartición de la asignatura o en las dos semanas siguientes a su matriculación si ésta se ha producido con posterioridad al inicio de las clases o por causa sobrevenidas. Lo solicitará, a través del procedimiento electrónico, a la Coordinación del Máster, quien dará traslado al profesorado correspondiente, alegando y acreditando las razones que le asisten para no poder seguir el sistema de evaluación continua.
La evaluación en tal caso consistirá en:
- Examen escrito sobre el contenido del módulo con un peso del 100% sobre la calificación
Información adicional
Información de interés para estudiantado con discapacidad y/o Necesidades Específicas de Apoyo Educativo (NEAE): Gestión de servicios y apoyos (https://ve.ugr.es/servicios/atencion-social/estudiantes-con-discapacidad).