Guía docente de Biotecnología de Actinomicetos y Otros Microorganismos Productores de Moléculas con Actividad Biológica (M78/56/1/10)

-Microorganismos productores de metabolitos secundarios: métodos de aislamiento y de caracterización (secuenciación bar-coding, genotipado mediante técnicas de DNA fingerprinting, metabolic profiling, fenotipado, marcadores moleculares).

-Métodos de fermentación (formatos, miniaturización, escalado de la fermentación), diseño y optimización de la producción, regulación (epigenética, moduladores y señalización).

-Mecanismos y sistemas biosintéticos (Policétidosintasas (PKS), Péptidosintetasas no Ribosomales (NRPS), síntesis de terpenoides.

-Nuevas herramientas moleculares para la generación de nuevos antibióticos: antibióticos híbridos, expresión heteróloga y clonación del metagenoma.

Se recomienda tener conocimientos básicos de Bioquímica, Biología Molecular y Microbiología.

- Saber utilizar los microorganismos para producir moléculas bioactivas y en especial las fermentaciones.
- Conocer los mecanismos de síntesis con elementos microbianos aislados.
- Conocer las estrategias de síntesis de antibióticos.

• Bloque 1: Introducción: descubrimiento de fármacos a partir de productos naturales de origen microbiano
• Bloque 2: Microorganismos y técnicas de aislamiento (Teoría y Prácticas laboratorio):
  • Introduccion a los actinomicetos
  • Introduccion sobre hongos filamentosos
  • Aislamiento de actinomicetos:  descripción de las fuentes y métodos de aislamiento, mantenimiento y preservación de cepas
  • Aislamiento de hongos: descripción de las fuentes y métodos de aislamiento, mantenimiento y preservación de cepas
• Bloque 3: Taxonomía de microorganismos (Teoría y Practicas laboratorio):
  • Taxonomía morfológica: métodos y herramientas de identificación morfológicos,
  • Técnicas de quimiotaxonomía aplicadas a actinomicetos
  • Técnicas de taxonomía molecular y análisis filogenético;
  • Técnicas de selección de cultivos.
• Bloque 4: Sistemas biosintéticos de metabolitos secundarios y métodos de fingerprinting (Teoria y Prácticas laboratorio):
  • Principales sistemas implicados en la síntesis metabolitos secundarios
  • Técnicas de genotipado basado en la producción de metabolitos; análisis de la diversidad metabólica y fingerprinting.

̶  Bloque 5: Genome mining (Teoría y Prácticas Bioinformáticas)

• Teoría de Genome Mining: Mecanismos de biosíntesis y organización genética de rutas biosintéticas, identificación de rutas de biosíntesis y predicción de los metabolitos producidos.
• Biosíntesis y producción heteróloga de metabolitos: secuenciación de genomas, herramientas bioinformáticas de análisis de rutas biosintéticas, herramientas y métodos de clonación y expresión heteróloga, manipulación de rutas biosintéticas, librerías metagenómicas

• Bloque 6: Cultivo de microorganismos (Teoría y Prácticas laboratorio):
  • Introducción al cultivo de microorganismos,
  • Formatos de cultivo líquido y estático
  • Preparación de inóculos y medios de fermentación, requerimientos nutricionales
  • Técnicas de escalado, matraces y biorreactores
  • Optimización de la producción de metabolitos

Taller: presentación artículos seleccionados para su análisis y discusión general

Genome mining (Prácticas Bioinformáticas)

• Biosíntesis y producción heteróloga de metabolitos: secuenciación de genomas, herramientas bioinformáticas de análisis de rutas biosintéticas, herramientas y métodos de clonación y expresión heteróloga, manipulación de rutas biosintéticas, librerías metagenómicas

• Cultivo de microorganismos (Teoría y Prácticas laboratorio):
  • Introducción al cultivo de microorganismos,
  • Formatos de cultivo líquido y estático
  • Preparación de inóculos y medios de fermentación, requerimientos nutricionales
  • Técnicas de escalado, matraces y biorreactores
  • Optimización de la producción de metabolitos

BIBLIOGRAFÍA FUNDAMENTAL:

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BIBLIOGRAFÍA BLOQUE 6 (CULTIVO DE MICROORGANISMOS E INDUCCION DE METABOLITOS SECUNDARIOS):

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• Valiante, V., M. C. Monteiro, et al. (2015). Hitting the Caspofungin Salvage Pathway of Human-Pathogenic Fungi with the Novel Lasso Peptide Humidimycin (MDN-0010). Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 59: 5145-5153.        
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http://www.ezbiocloud.net/eztaxon;

http://www.fungalbarcoding.org/;

http://www.actino.jp/DigitalAtlas/;

https://antismash.secondarymetabolites.org/;

https://mibig.secondarymetabolites.org/

• MD01 Análisis de casos: En los que los estudiantes tendrán que aplicar conocimientos a las situaciones concretas planteadas, hacer apuestas por aquella solución más fundada en situaciones donde la información es incompleta, lo cuál es una práctica corriente entre los profesionales y servirá para elaborar ideas con las que diseñar proyectos de investigación. 
• MD02 Trabajo colaborativo: Análisis y crítica de proyectos/artículos de innovación/investigación. 
• MD03 Lecciones magistrales y asistencia a conferencias de profesorado invitado o conferencias organizadas por la universidad, etc. en donde el alumno pueda obtener una visión amplia del campo de estudio. Estas lecciones se complementarán con seminarios de discusión de ideas y aplicaciones. 
• MD04 Prácticas de laboratorio o planta piloto y visitas a por unidades funcionales de empresas. En ambas se persigue el conocimiento de las diferentes metodologías de trabajo. En algunos casos sustituyen al análisis de casos, al tratarse de casos prácticos a resolver. 

El artículo 17 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que la convocatoria ordinaria estará basada preferentemente en la evaluación continua del estudiante, excepto para quienes se les haya reconocido el derecho a la evaluación única final.

Ver significado SE en: http://masteres.ugr.es/bioenterprise/pages/info_academica/index

El artículo 19 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que los estudiantes que no hayan superado la asignatura en la convocatoria ordinaria dispondrán de una convocatoria extraordinaria. A ella podrán concurrir todos los estudiantes, con independencia de haber seguido o no un proceso de evaluación continua. De esta forma, el estudiante que no haya realizado la evaluación continua tendrá la posibilidad de obtener el 100% de la calificación mediante la realización de una exposición oral o trabajo escrito individual sobre el contenido teórico.

Los sistemas de evaluación y calificación se describen en: http://masteres.ugr.es/bioenterprise/pages/info_academica/index

El artículo 8 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que podrán acogerse a la evaluación única final, el estudiante que no pueda cumplir con el método de evaluación continua por causas justificadas.

Para acogerse a la evaluación única final, el estudiante, en las dos primeras semanas de impartición de la asignatura o en las dos semanas siguientes a su matriculación, si ésta se ha producido con posterioridad al inicio de las clases o por causa sobrevenidas, lo solicitará, a través del procedimiento electrónico, a la Coordinación del Máster, quien dará traslado al profesorado correspondiente, alegando y acreditando las razones que le asisten para no poder seguir el sistema de evaluación continua.

La evaluación en tal caso consistirá en la realización de una exposición oral o trabajo escrito individual sobre el contenido teórico.

Información de interés para estudiantado con discapacidad y/o Necesidades Específicas de Apoyo Educativo (NEAE): Gestión de servicios y apoyos (https://ve.ugr.es/servicios/atencion-social/estudiantes-con-discapacidad).